Holt Farrier (Colin Farrell) cuenta con la ayuda de sus hijos Milly (Nico Parker) y Joe (Finley Hobbins) para cuidar a un elefante recién nacido cuyas orejas gigantes le hacer ser el hazmerreír en un Circo que no pasa por su mejor momento. La familia circense de Holt incluye además a la señorita Atlantis (Sharon Rooney), Rongo (DeObia Oparei), Pramesh Singh (Roshan Seth) y su sobrino (Ragevan Vasan), La grandiosa Catherine (Zenaida Alcalde) y el magnífico Iván (Miguel Muñoz). Max Medici (Danny DeVito) dueño del circo, se decepciona al saber sobre las enormes orejas del pequeño paquidermo hasta que descubre que es capaz de volar, llevando al circo de regreso a la prosperidad.

Ryme City, una metrópoli futurista en la que los humanos y los Pokémon conviven en armonía. Tras la misteriosa desaparición de su padre, toda una leyenda en la ciudad, el joven Tim Goodman (Justice Smith) comienza una investigación para buscarle y averiguar lo que le ha sucedido. En esta misión le ayudará el adorable súper-detective Pikachu, un inteligente Pokémon que habla, aunque curiosamente el chico es el único que puede entenderle. Ambos unirán sus fuerzas y trabajarán juntos para resolver este gran misterio, con la ayuda de Lucy (Kathryn Newton), una reportera que trabaja en su primera gran historia. Será una aventura en la que descubrirán a entrañables personajes del universo Pokémon, además de una trama espeluznante que podría amenazar la convivencia pacífica de todo este universo.